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Estudios de transcriptómica y metatranscriptómica
El coste y tiempo requerido dependerá del proyecto a ejecutar.
Estudio del transcriptoma completo (eucariota o procariota) o el metatranscriptoma de forma utilizando la secuenciación masiva. También se puede estudiar la expresión génica de genes individuales mediante la PCR cuantitativa.
Especificaciones técnicas:
La secuenciacón masiva se puede realizar en diferentes plataformas. En la plataforma Illumina, con el equipo NextSeq 2000, donde se obtienen lecturas cortas de los transcritos de una forma muy fiable. O en la plataforma de Oxford nanopore con el equipo Minion, donde se obtienen lecturas de fragmentos más largos. Los estudios de expresión génica de genes individuales se analizará en el equipo QuantStudio 6 Pro real-time PCR System, Applied Biosystems.
Alcance del servicio:
Se podrá realizar desde el diseño experimenal hasta el análisis final de datos. También es posible realizar únicamente el análisis de las muestras.
Requisitos de las muestras:
Dependiendo del tipo de muestra a analizar y la finalidad del estudio, se requiere una cantidad de muestra diferente así como la idoneidad de realizar duplicados (a consultar). Las muestras siempre han de estar congeladas.
Proceso que implica el servicio:
Se extrae el ARN de las muestras utilizando kits comerciales y se generan las diferentes librerías para la secuenciación según el análisis que interesa. Las muestras están etiquetadas individualmente con códigos de barras y adaptadores específicos del equipo. Todas las muestras se secuencian a la vez agrupándolas en una concentración equimolar para la secuenciación.
Para el análisis de expresión génica el ARN extraídose analizará mediante la PCR cuantitativa. la cuantificación se realiza de forma de forma relativa utilizando cebadores y sondas fluorsescentes para su detección.
Finalidad:
Investigación y Desarrollo
Monto:
El coste y tiempo requerido dependerá del proyecto a ejecutar.
Plazos:
A definir en cada caso.
Output del servicio:
Documentos digitales como los fastq generados y diferentes gráficos si se ha requerido del análisis de los datos. Todo ello se acompaña del informe de resultados donde se describe todo el estudio realizado.