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Estudios de genómica
El coste y tiempo requerido dependerá del proyecto a ejecutar.
Ámplio catálogo de aplicaciones en genómica, como el análisis metagenómico mediante la secuenciación del 16S rARN o shotgun, análisis de secuenciación de genomas bacterianos, estudio de genes de resistencia antimicrobiana, genotipación de SNPs, secuenciación Sanger, etc.
Especificaciones técnicas:
La secuenciacón masiva se puede realizar en diferentes plataformas. En la plataforma Illumina, con el equipo NextSeq 2000, o en la plataforma Ion Torrent con el equipo S5 System, Applied Biosystems, donde se obtienen lecturas cortas de los transcritos en 2 direcciones y de una forma muy fiable. También en la plataforma de Oxford Nanopore con el equipo Minion, donde se obtienen lecturas de fragmentos más largos en una única dirección.
Para la genotipación se usará el equipo de RT-PCR, QuantStudio 6 Pro real-time PCR System, Applied Biosystems. Para la secuenciación Sanger el equipo 3500 Genetic Analyzer, Applied Biosystems.
Alcance del servicio:
Se podrá realizar desde el diseño experimenal hasta el análisis final de datos. También es posible realizar únicamente el análisis de las muestras.
Requisitos de las muestras:
Dependiendo del tipo de muestra a analizar y la finalidad del estudio, se requiere una cantidad de muestra diferente así como la idoneidad de realizar duplicados (a consultar). Las muestras siempre han de estar congeladas.
Proceso que implica el servicio:
Exracción del ADN de las muestras utilizando kits comerciales y generación de las diferentes librerías para la secuenciación masiva según el análisis que interesa. Las muestras son etiquetadas individualmente con códigos de barras y adaptadores específicos del equipo a usar. Todas las muestras se secuencian a la vez agrupándolas en una concentración equimolar para la secuenciación.
Para análisis de genotipado se usarán las sondas Taqman de Applied Biosystems. Para la secuenciación Sanger se diseñarán cebadores específicos de la región a secuenciar.
Finalidad:
Investigación y Desarrollo
Monto:
El coste y tiempo requerido dependerá del proyecto a ejecutar.
Plazos:
A definir en cada caso.
Output del servicio:
Documentos digitales como los fastq generados y diferentes gráficos si se ha requerido del análisis de los datos. Todo ello se acompaña del informe de resultados donde se describe todo el estudio realizado.